Study : bsu09550 (atomeDB@cbs.cnrs.fr)


Main Binding Site Prediction:


Binding Site Prediction

Download fasta file
Download text file


Binding Site Number :C1_S1
Best Complexes choosen after comparative docking [pKd > 3] : 4 (5 maxi)

Complexes [Theoretical pKd]FileVolume (A3)
(FPocket)
Hydrophobicity
Score(FPocket)
Contacts Ligand/Receptor [<4A] in Site C1_S1
Complex: ADN_A_3(3OI8) / Model_8(3OI8/A) = [4.4] Download852.7511.44MDIVNLILVAVLIALTAFFVASEFAIIRIRGSRIDQLIAEGNKAAIAVKKVTTHLDEYLSACQLGITLTSIGLGVLGESTIERLLHPLFVQMNVPGSLSHVISFIFAYAIITFLHVVVGELAPKTVAIQKAEAVSMLFAKPLIWFYRIAFPFIWLLNNSARLLTKAFGLETVSENELAHSEEELRIILSESYKSGEINQSEFKYVNKIFEFDDRLAKEIMIPRTEIVSLPHDIKISEMMDIIQIEKYTRYPVEEGDKDNIIGVINIKEVLTACISGEVSVDSTISQFVNPIIHVIESAPIQDLLVKMQKERVHMAILSDEYGGTAGLVTVEDIIEEIVGEIRDEFDIDEISEIRKIGEGHYILDGKVLIDQVNDLLGIHLENEEVDTIGGWFLTQKYDVEKDDSIIEEGCEFIINEIDGHHVAYIEVKKLQEEELLETANQQEA
Complex: AMP_A_3(3LFR) / Model_3(3LFR/A) = [4.6] Download670.2717.40MDIVNLILVAVLIALTAFFVASEFAIIRIRGSRIDQLIAEGNKAAIAVKKVTTHLDEYLSACQLGITLTSIGLGVLGESTIERLLHPLFVQMNVPGSLSHVISFIFAYAIITFLHVVVGELAPKTVAIQKAEAVSMLFAKPLIWFYRIAFPFIWLLNNSARLLTKAFGLETVSENELAHSEEELRIILSESYKSGEINQSEFKYVNKIFEFDDRLAKEIMIPRTEIVSLPHDIKISEMMDIIQIEKYTRYPVEEGDKDNIIGVINIKEVLTACISGEVSVDSTISQFVNPIIHVIESAPIQDLLVKMQKERVHMAILSDEYGGTAGLVTVEDIIEEIVGEIRDEFDIDEISEIRKIGEGHYILDGKVLIDQVNDLLGIHLENEEVDTIGGWFLTQKYDVEKDDSIIEEGCEFIINEIDGHHVAYIEVKKLQEEELLETANQQEA
Complex: AMP_A_5(3NQR) / Model_4(3NQR/A) = [5.3] Download656.3319.78MDIVNLILVAVLIALTAFFVASEFAIIRIRGSRIDQLIAEGNKAAIAVKKVTTHLDEYLSACQLGITLTSIGLGVLGESTIERLLHPLFVQMNVPGSLSHVISFIFAYAIITFLHVVVGELAPKTVAIQKAEAVSMLFAKPLIWFYRIAFPFIWLLNNSARLLTKAFGLETVSENELAHSEEELRIILSESYKSGEINQSEFKYVNKIFEFDDRLAKEIMIPRTEIVSLPHDIKISEMMDIIQIEKYTRYPVEEGDKDNIIGVINIKEVLTACISGEVSVDSTISQFVNPIIHVIESAPIQDLLVKMQKERVHMAILSDEYGGTAGLVTVEDIIEEIVGEIRDEFDIDEISEIRKIGEGHYILDGKVLIDQVNDLLGIHLENEEVDTIGGWFLTQKYDVEKDDSIIEEGCEFIINEIDGHHVAYIEVKKLQEEELLETANQQEA
Complex: AMP_A_2(4HG0) / Model_2(4HG0/A) = [5.8] Download793.1210.06MDIVNLILVAVLIALTAFFVASEFAIIRIRGSRIDQLIAEGNKAAIAVKKVTTHLDEYLSACQLGITLTSIGLGVLGESTIERLLHPLFVQMNVPGSLSHVISFIFAYAIITFLHVVVGELAPKTVAIQKAEAVSMLFAKPLIWFYRIAFPFIWLLNNSARLLTKAFGLETVSENELAHSEEELRIILSESYKSGEINQSEFKYVNKIFEFDDRLAKEIMIPRTEIVSLPHDIKISEMMDIIQIEKYTRYPVEEGDKDNIIGVINIKEVLTACISGEVSVDSTISQFVNPIIHVIESAPIQDLLVKMQKERVHMAILSDEYGGTAGLVTVEDIIEEIVGEIRDEFDIDEISEIRKIGEGHYILDGKVLIDQVNDLLGIHLENEEVDTIGGWFLTQKYDVEKDDSIIEEGCEFIINEIDGHHVAYIEVKKLQEEELLETANQQEA
Consensus
[pKd Mean = 5.03]
-743
(s=82)
14
(s=4)
MDIVNLILVAVLIALTAFFVASEFAIIRIRGSRIDQLIAEGNKAAIAVKKVTTHLDEYLSACQLGITLTSIGLGVLGESTIERLLHPLFVQMNVPGSLSHVISFIFAYAIITFLHVVVGELAPKTVAIQKAEAVSMLFAKPLIWFYRIAFPFIWLLNNSARLLTKAFGLETVSENELAHSEEELRIILSESYKSGEINQSEFKYVNKIFEFDDRLAKEIMIPRTEIVSLPHDIKISEMMDIIQIEKYTRYPVEEGDKDNIIGVINIKEVLTACISGEVSVDSTISQFVNPIIHVIESAPIQDLLVKMQKERVHMAILSDEYGGTAGLVTVEDIIEEIVGEIRDEFDIDEISEIRKIGEGHYILDGKVLIDQVNDLLGIHLENEEVDTIGGWFLTQKYDVEKDDSIIEEGCEFIINEIDGHHVAYIEVKKLQEEELLETANQQEA