Study : Wbm0209 (atomeDB@cbs.cnrs.fr)


Main Binding Site Prediction:


Binding Site Prediction

Download fasta file
Download text file


Binding Site Number :C4_S1
Best Complexes choosen after comparative docking [pKd > 3] : 4 (5 maxi)

Complexes [Theoretical pKd]FileVolume (A3)
(FPocket)
Hydrophobicity
Score(FPocket)
Contacts Ligand/Receptor [<4A] in Site C4_S1
Complex: PEP_A_2(2XZ7) / Model_13(2XZ7/A) = [3.5] Download423.39-4.06MDTVYVKYVCQEKPETMEEKLIYYFSQDKCEGNAEMKSLLGGKGANLAEMCNIGIPVPPGFTISTSACKSYYQGNGLSDDLCSTIKEYMTMLENDIGCKFGDSNNPLLVSIRSGSVNSMPGMLDTILNAGLNDTTVIGLAKKSGERFAYDSYCRFIMMYSNVVLQLDHQLFQSIIDNERQKNGAKSLADLNVDVLKRIVCDFKKIVHEKTEKHFPQDIEEQLLSSVNAVFASWQNERAVSYRKIHNIPENLGTAVNVQAMVFGNLNNNSATGVIFTRNPSTGEKKCFGEFLVNAQGEDVVSGVYTPIPINGKQENTMEKLMLSVYQELCEVCKKLEVHYKDMQDIEFTVQGGKLWILQTRSGKRTAEATVRITVDMVNEGTITKEEGILKIDPKIFDNLLHPVLEARGDQKVIGKGLPASPGVASGYVVFSASDAEKAAEQGKKIILVRLETSSEDINGMNAASGIITARGGMTSHAAVVTRGMGKPCICSVNGLHIDKNGNFFSVGDTTVNKGEPITINGGTGEVMLGILPTILPELSQEFKTIINWIDETKMIKVRANADTPKDAKIAKEFGAEGIGLCRTEHMFFASNRIEFIQRLIIADDKTERASALSKLEEMQKSDFKEIFSIMGGREVTIRLLDPPLHEFLPDNQSTIEKIAKSLNKSVESVKNKIVQLSEKNPMLGHRGCRLAISHPEIYSMQTRAILSAVDELKKEKKAEVKPEIMIPFIMSEKEFILICELLKKEAKNFDVNYSIGTMIELPRAALIADKLAKYAEFFSFGTNDLTQTTMGLSRDDSVSFLNSYKENNIFENDPFEVLDVEGVGELIKIAIERGKKTRKEIKLGVCGEHGADPRSIEFLIKSGVSYISCSPYRVPIAKLVAAQKSKCVG
Complex: PYR_A_4(2XZ9) / Model_14(2XZ9/A) = [3.9] Download150.05-5.82MDTVYVKYVCQEKPETMEEKLIYYFSQDKCEGNAEMKSLLGGKGANLAEMCNIGIPVPPGFTISTSACKSYYQGNGLSDDLCSTIKEYMTMLENDIGCKFGDSNNPLLVSIRSGSVNSMPGMLDTILNAGLNDTTVIGLAKKSGERFAYDSYCRFIMMYSNVVLQLDHQLFQSIIDNERQKNGAKSLADLNVDVLKRIVCDFKKIVHEKTEKHFPQDIEEQLLSSVNAVFASWQNERAVSYRKIHNIPENLGTAVNVQAMVFGNLNNNSATGVIFTRNPSTGEKKCFGEFLVNAQGEDVVSGVYTPIPINGKQENTMEKLMLSVYQELCEVCKKLEVHYKDMQDIEFTVQGGKLWILQTRSGKRTAEATVRITVDMVNEGTITKEEGILKIDPKIFDNLLHPVLEARGDQKVIGKGLPASPGVASGYVVFSASDAEKAAEQGKKIILVRLETSSEDINGMNAASGIITARGGMTSHAAVVTRGMGKPCICSVNGLHIDKNGNFFSVGDTTVNKGEPITINGGTGEVMLGILPTILPELSQEFKTIINWIDETKMIKVRANADTPKDAKIAKEFGAEGIGLCRTEHMFFASNRIEFIQRLIIADDKTERASALSKLEEMQKSDFKEIFSIMGGREVTIRLLDPPLHEFLPDNQSTIEKIAKSLNKSVESVKNKIVQLSEKNPMLGHRGCRLAISHPEIYSMQTRAILSAVDELKKEKKAEVKPEIMIPFIMSEKEFILICELLKKEAKNFDVNYSIGTMIELPRAALIADKLAKYAEFFSFGTNDLTQTTMGLSRDDSVSFLNSYKENNIFENDPFEVLDVEGVGELIKIAIERGKKTRKEIKLGVCGEHGADPRSIEFLIKSGVSYISCSPYRVPIAKLVAAQKSKCVG
Complex: PYR_A_4(2XZ9) / Model_28(2XZ9/A) = [3.9] Download168.30-5.82MDTVYVKYVCQEKPETMEEKLIYYFSQDKCEGNAEMKSLLGGKGANLAEMCNIGIPVPPGFTISTSACKSYYQGNGLSDDLCSTIKEYMTMLENDIGCKFGDSNNPLLVSIRSGSVNSMPGMLDTILNAGLNDTTVIGLAKKSGERFAYDSYCRFIMMYSNVVLQLDHQLFQSIIDNERQKNGAKSLADLNVDVLKRIVCDFKKIVHEKTEKHFPQDIEEQLLSSVNAVFASWQNERAVSYRKIHNIPENLGTAVNVQAMVFGNLNNNSATGVIFTRNPSTGEKKCFGEFLVNAQGEDVVSGVYTPIPINGKQENTMEKLMLSVYQELCEVCKKLEVHYKDMQDIEFTVQGGKLWILQTRSGKRTAEATVRITVDMVNEGTITKEEGILKIDPKIFDNLLHPVLEARGDQKVIGKGLPASPGVASGYVVFSASDAEKAAEQGKKIILVRLETSSEDINGMNAASGIITARGGMTSHAAVVTRGMGKPCICSVNGLHIDKNGNFFSVGDTTVNKGEPITINGGTGEVMLGILPTILPELSQEFKTIINWIDETKMIKVRANADTPKDAKIAKEFGAEGIGLCRTEHMFFASNRIEFIQRLIIADDKTERASALSKLEEMQKSDFKEIFSIMGGREVTIRLLDPPLHEFLPDNQSTIEKIAKSLNKSVESVKNKIVQLSEKNPMLGHRGCRLAISHPEIYSMQTRAILSAVDELKKEKKAEVKPEIMIPFIMSEKEFILICELLKKEAKNFDVNYSIGTMIELPRAALIADKLAKYAEFFSFGTNDLTQTTMGLSRDDSVSFLNSYKENNIFENDPFEVLDVEGVGELIKIAIERGKKTRKEIKLGVCGEHGADPRSIEFLIKSGVSYISCSPYRVPIAKLVAAQKSKCVG
Complex: PPR_A_7(1KC7) / Model_3(1KC7/A) = [4.2] Download531.10-10.92MDTVYVKYVCQEKPETMEEKLIYYFSQDKCEGNAEMKSLLGGKGANLAEMCNIGIPVPPGFTISTSACKSYYQGNGLSDDLCSTIKEYMTMLENDIGCKFGDSNNPLLVSIRSGSVNSMPGMLDTILNAGLNDTTVIGLAKKSGERFAYDSYCRFIMMYSNVVLQLDHQLFQSIIDNERQKNGAKSLADLNVDVLKRIVCDFKKIVHEKTEKHFPQDIEEQLLSSVNAVFASWQNERAVSYRKIHNIPENLGTAVNVQAMVFGNLNNNSATGVIFTRNPSTGEKKCFGEFLVNAQGEDVVSGVYTPIPINGKQENTMEKLMLSVYQELCEVCKKLEVHYKDMQDIEFTVQGGKLWILQTRSGKRTAEATVRITVDMVNEGTITKEEGILKIDPKIFDNLLHPVLEARGDQKVIGKGLPASPGVASGYVVFSASDAEKAAEQGKKIILVRLETSSEDINGMNAASGIITARGGMTSHAAVVTRGMGKPCICSVNGLHIDKNGNFFSVGDTTVNKGEPITINGGTGEVMLGILPTILPELSQEFKTIINWIDETKMIKVRANADTPKDAKIAKEFGAEGIGLCRTEHMFFASNRIEFIQRLIIADDKTERASALSKLEEMQKSDFKEIFSIMGGREVTIRLLDPPLHEFLPDNQSTIEKIAKSLNKSVESVKNKIVQLSEKNPMLGHRGCRLAISHPEIYSMQTRAILSAVDELKKEKKAEVKPEIMIPFIMSEKEFILICELLKKEAKNFDVNYSIGTMIELPRAALIADKLAKYAEFFSFGTNDLTQTTMGLSRDDSVSFLNSYKENNIFENDPFEVLDVEGVGELIKIAIERGKKTRKEIKLGVCGEHGADPRSIEFLIKSGVSYISCSPYRVPIAKLVAAQKSKCVG
Consensus
[pKd Mean = 3.88]
-318
(s=163)
-6
(s=2)
MDTVYVKYVCQEKPETMEEKLIYYFSQDKCEGNAEMKSLLGGKGANLAEMCNIGIPVPPGFTISTSACKSYYQGNGLSDDLCSTIKEYMTMLENDIGCKFGDSNNPLLVSIRSGSVNSMPGMLDTILNAGLNDTTVIGLAKKSGERFAYDSYCRFIMMYSNVVLQLDHQLFQSIIDNERQKNGAKSLADLNVDVLKRIVCDFKKIVHEKTEKHFPQDIEEQLLSSVNAVFASWQNERAVSYRKIHNIPENLGTAVNVQAMVFGNLNNNSATGVIFTRNPSTGEKKCFGEFLVNAQGEDVVSGVYTPIPINGKQENTMEKLMLSVYQELCEVCKKLEVHYKDMQDIEFTVQGGKLWILQTRSGKRTAEATVRITVDMVNEGTITKEEGILKIDPKIFDNLLHPVLEARGDQKVIGKGLPASPGVASGYVVFSASDAEKAAEQGKKIILVRLETSSEDINGMNAASGIITARGGMTSHAAVVTRGMGKPCICSVNGLHIDKNGNFFSVGDTTVNKGEPITINGGTGEVMLGILPTILPELSQEFKTIINWIDETKMIKVRANADTPKDAKIAKEFGAEGIGLCRTEHMFFASNRIEFIQRLIIADDKTERASALSKLEEMQKSDFKEIFSIMGGREVTIRLLDPPLHEFLPDNQSTIEKIAKSLNKSVESVKNKIVQLSEKNPMLGHRGCRLAISHPEIYSMQTRAILSAVDELKKEKKAEVKPEIMIPFIMSEKEFILICELLKKEAKNFDVNYSIGTMIELPRAALIADKLAKYAEFFSFGTNDLTQTTMGLSRDDSVSFLNSYKENNIFENDPFEVLDVEGVGELIKIAIERGKKTRKEIKLGVCGEHGADPRSIEFLIKSGVSYISCSPYRVPIAKLVAAQKSKCVG