Study : Lmo1433 (atomeDB@cbs.cnrs.fr)


Main Binding Site Prediction:


Binding Site Prediction

Download fasta file
Download text file


Binding Site Number :C1_S1
Best Complexes choosen after comparative docking [pKd > 3] : 4 (5 maxi)

Complexes [Theoretical pKd]FileVolume (A3)
(FPocket)
Hydrophobicity
Score(FPocket)
Contacts Ligand/Receptor [<4A] in Site C1_S1
Complex: FAD_A_5(3O0H) / Model_23(3O0H/A) = [12.3] Download547.3617.13VAKFTYDVVIIGSGASGTTVAFEAQAAGLKVAIVEERNWGGTCVLRGCDPKKVLIGAREARNLSTRLRGKGIKQAATISWTDLMAFKETFVENVPESRLASFQEAGIETFFGAASFQDSHSLQVGDDLIYAEKIVIATGATPSTLKVEGKEYIQTSDDFLSLEKLPDSVVFIGGGYISFEFASIALAAGRDVHIIHHNSEPLKKFDPDFVAALVANIKDEGIHFHFDTDITKIENDGGKLHIKGKDSFSLQTDLIIGATGRMPNIAHLSLENASIDYTKKGIVVNEKLQTPNNPHIYACGDVAATKGAPLTPVVSLEAALVAKNVIGVNEKITYPAIPSVVFTSPKLASIGISTEEAKANPEKYQIKNHDTTSWYTYKRTNEQIALAKIIEDRESGQIKGAHFLSEEADYMINYIAILMKANLTLADLQSVIFAYPSPASDLTALN
Complex: FAD_A_4(1EBD) / Model_34(1EBD/A) = [12.4] Download652.9017.76VAKFTYDVVIIGSGASGTTVAFEAQAAGLKVAIVEERNWGGTCVLRGCDPKKVLIGAREARNLSTRLRGKGIKQAATISWTDLMAFKETFVENVPESRLASFQEAGIETFFGAASFQDSHSLQVGDDLIYAEKIVIATGATPSTLKVEGKEYIQTSDDFLSLEKLPDSVVFIGGGYISFEFASIALAAGRDVHIIHHNSEPLKKFDPDFVAALVANIKDEGIHFHFDTDITKIENDGGKLHIKGKDSFSLQTDLIIGATGRMPNIAHLSLENASIDYTKKGIVVNEKLQTPNNPHIYACGDVAATKGAPLTPVVSLEAALVAKNVIGVNEKITYPAIPSVVFTSPKLASIGISTEEAKANPEKYQIKNHDTTSWYTYKRTNEQIALAKIIEDRESGQIKGAHFLSEEADYMINYIAILMKANLTLADLQSVIFAYPSPASDLTALN
Complex: FAD_A_3(2R9Z) / Model_40(2R9Z/A) = [13.1] Download715.9217.83VAKFTYDVVIIGSGASGTTVAFEAQAAGLKVAIVEERNWGGTCVLRGCDPKKVLIGAREARNLSTRLRGKGIKQAATISWTDLMAFKETFVENVPESRLASFQEAGIETFFGAASFQDSHSLQVGDDLIYAEKIVIATGATPSTLKVEGKEYIQTSDDFLSLEKLPDSVVFIGGGYISFEFASIALAAGRDVHIIHHNSEPLKKFDPDFVAALVANIKDEGIHFHFDTDITKIENDGGKLHIKGKDSFSLQTDLIIGATGRMPNIAHLSLENASIDYTKKGIVVNEKLQTPNNPHIYACGDVAATKGAPLTPVVSLEAALVAKNVIGVNEKITYPAIPSVVFTSPKLASIGISTEEAKANPEKYQIKNHDTTSWYTYKRTNEQIALAKIIEDRESGQIKGAHFLSEEADYMINYIAILMKANLTLADLQSVIFAYPSPASDLTALN
Complex: FAD_A_5(3DK9) / Model_37(3DK9/A) = [13.6] Download661.0219.33VAKFTYDVVIIGSGASGTTVAFEAQAAGLKVAIVEERNWGGTCVLRGCDPKKVLIGAREARNLSTRLRGKGIKQAATISWTDLMAFKETFVENVPESRLASFQEAGIETFFGAASFQDSHSLQVGDDLIYAEKIVIATGATPSTLKVEGKEYIQTSDDFLSLEKLPDSVVFIGGGYISFEFASIALAAGRDVHIIHHNSEPLKKFDPDFVAALVANIKDEGIHFHFDTDITKIENDGGKLHIKGKDSFSLQTDLIIGATGRMPNIAHLSLENASIDYTKKGIVVNEKLQTPNNPHIYACGDVAATKGAPLTPVVSLEAALVAKNVIGVNEKITYPAIPSVVFTSPKLASIGISTEEAKANPEKYQIKNHDTTSWYTYKRTNEQIALAKIIEDRESGQIKGAHFLSEEADYMINYIAILMKANLTLADLQSVIFAYPSPASDLTALN
Consensus
[pKd Mean = 12.85]
-644
(s=60)
18
(s=0)
VAKFTYDVVIIGSGASGTTVAFEAQAAGLKVAIVEERNWGGTCVLRGCDPKKVLIGAREARNLSTRLRGKGIKQAATISWTDLMAFKETFVENVPESRLASFQEAGIETFFGAASFQDSHSLQVGDDLIYAEKIVIATGATPSTLKVEGKEYIQTSDDFLSLEKLPDSVVFIGGGYISFEFASIALAAGRDVHIIHHNSEPLKKFDPDFVAALVANIKDEGIHFHFDTDITKIENDGGKLHIKGKDSFSLQTDLIIGATGRMPNIAHLSLENASIDYTKKGIVVNEKLQTPNNPHIYACGDVAATKGAPLTPVVSLEAALVAKNVIGVNEKITYPAIPSVVFTSPKLASIGISTEEAKANPEKYQIKNHDTTSWYTYKRTNEQIALAKIIEDRESGQIKGAHFLSEEADYMINYIAILMKANLTLADLQSVIFAYPSPASDLTALN