Study : Lmo1681 (atomeDB@cbs.cnrs.fr)


Main Binding Site Prediction:


Binding Site Prediction

Download fasta file
Download text file


Binding Site Number :C2_S1
Best Complexes choosen after comparative docking [pKd > 3] : 5 (5 maxi)

Complexes [Theoretical pKd]FileVolume (A3)
(FPocket)
Hydrophobicity
Score(FPocket)
Contacts Ligand/Receptor [<4A] in Site C2_S1
Complex: MET_A_8(1U1H) / Model_13(1U1H/A) = [3.2] Download2107.9321.64MVKAISSNLGYPRLGEKREWKRALEKFWNGAISEEELLAETKALRLHALKKQQEKGIDLIPVGDFSFYDQVLDTSVTFGIIPKRFQHDGGKVSLNTYFDIARGKSDAVASEMTKWFNTNYHYIVPELADADPKVLDNRALYYYEEAKKELGIEGKPVLVGPVTYLKLGKGNDAENFEALLDKFIPAYVEILKELERAGAKWVQIDEPYLATSFDKSEIKLFEKVYQAFQTAVPNLKIELQTYFESLDYYEEVVNLPVAAIGIDFVHDHGDSLEALKAHGFPEDKYLAAGVIDGRNVWRSDLDAKLSLLTEIADYVTDGKLIVQPSNSLLHVPVTKLSEPDLDEVILGGLSFADQKLDEIAILTKALTDGAESVTAELEDARAAVTALNESSHRNNLEVQEAIANLGNVRVDRELPFAERIKLQHAWLNLPLFPTTTIGSFPQSPEVRKTRADWLKGNITDAEYNAFIEKETARWIKIQEELDIDVLVHGEFERTDMVEYFGQKLAGFQATKFGWVQSYGSRAVRPPLIYGDVAFTEEITVKESVYAQSLTKRPVKGMLTAPVTIINWSFVRDDVPESVVANQVGLALRKEVEALERNGIKVIQVDEPALREGLPLKQARWEKYLNDAVYSFKLTTASVQNDTQIHTHMCYSDFDDIIDTISALDADVISIETSRSHGEIISTFEEVTYDKEIGLGVYDIHSPRVPTVTEIQDNIRRALRAIDAKQFWINPDCGLKTRKEPETIAALQDMIKATKEVRAEYQVLEK
Complex: C2F_A_9(1U1J) / Model_14(1U1J/A) = [4.5] Download2054.4026.67MVKAISSNLGYPRLGEKREWKRALEKFWNGAISEEELLAETKALRLHALKKQQEKGIDLIPVGDFSFYDQVLDTSVTFGIIPKRFQHDGGKVSLNTYFDIARGKSDAVASEMTKWFNTNYHYIVPELADADPKVLDNRALYYYEEAKKELGIEGKPVLVGPVTYLKLGKGNDAENFEALLDKFIPAYVEILKELERAGAKWVQIDEPYLATSFDKSEIKLFEKVYQAFQTAVPNLKIELQTYFESLDYYEEVVNLPVAAIGIDFVHDHGDSLEALKAHGFPEDKYLAAGVIDGRNVWRSDLDAKLSLLTEIADYVTDGKLIVQPSNSLLHVPVTKLSEPDLDEVILGGLSFADQKLDEIAILTKALTDGAESVTAELEDARAAVTALNESSHRNNLEVQEAIANLGNVRVDRELPFAERIKLQHAWLNLPLFPTTTIGSFPQSPEVRKTRADWLKGNITDAEYNAFIEKETARWIKIQEELDIDVLVHGEFERTDMVEYFGQKLAGFQATKFGWVQSYGSRAVRPPLIYGDVAFTEEITVKESVYAQSLTKRPVKGMLTAPVTIINWSFVRDDVPESVVANQVGLALRKEVEALERNGIKVIQVDEPALREGLPLKQARWEKYLNDAVYSFKLTTASVQNDTQIHTHMCYSDFDDIIDTISALDADVISIETSRSHGEIISTFEEVTYDKEIGLGVYDIHSPRVPTVTEIQDNIRRALRAIDAKQFWINPDCGLKTRKEPETIAALQDMIKATKEVRAEYQVLEK
Complex: C2F_A_9(1U1J) / Model_25(1U1J/A) = [4.5] Download2203.7726.67MVKAISSNLGYPRLGEKREWKRALEKFWNGAISEEELLAETKALRLHALKKQQEKGIDLIPVGDFSFYDQVLDTSVTFGIIPKRFQHDGGKVSLNTYFDIARGKSDAVASEMTKWFNTNYHYIVPELADADPKVLDNRALYYYEEAKKELGIEGKPVLVGPVTYLKLGKGNDAENFEALLDKFIPAYVEILKELERAGAKWVQIDEPYLATSFDKSEIKLFEKVYQAFQTAVPNLKIELQTYFESLDYYEEVVNLPVAAIGIDFVHDHGDSLEALKAHGFPEDKYLAAGVIDGRNVWRSDLDAKLSLLTEIADYVTDGKLIVQPSNSLLHVPVTKLSEPDLDEVILGGLSFADQKLDEIAILTKALTDGAESVTAELEDARAAVTALNESSHRNNLEVQEAIANLGNVRVDRELPFAERIKLQHAWLNLPLFPTTTIGSFPQSPEVRKTRADWLKGNITDAEYNAFIEKETARWIKIQEELDIDVLVHGEFERTDMVEYFGQKLAGFQATKFGWVQSYGSRAVRPPLIYGDVAFTEEITVKESVYAQSLTKRPVKGMLTAPVTIINWSFVRDDVPESVVANQVGLALRKEVEALERNGIKVIQVDEPALREGLPLKQARWEKYLNDAVYSFKLTTASVQNDTQIHTHMCYSDFDDIIDTISALDADVISIETSRSHGEIISTFEEVTYDKEIGLGVYDIHSPRVPTVTEIQDNIRRALRAIDAKQFWINPDCGLKTRKEPETIAALQDMIKATKEVRAEYQVLEK
Complex: HCS_A_3(4L6H) / Model_7(4L6H/A) = [4.9] Download383.109.93MVKAISSNLGYPRLGEKREWKRALEKFWNGAISEEELLAETKALRLHALKKQQEKGIDLIPVGDFSFYDQVLDTSVTFGIIPKRFQHDGGKVSLNTYFDIARGKSDAVASEMTKWFNTNYHYIVPELADADPKVLDNRALYYYEEAKKELGIEGKPVLVGPVTYLKLGKGNDAENFEALLDKFIPAYVEILKELERAGAKWVQIDEPYLATSFDKSEIKLFEKVYQAFQTAVPNLKIELQTYFESLDYYEEVVNLPVAAIGIDFVHDHGDSLEALKAHGFPEDKYLAAGVIDGRNVWRSDLDAKLSLLTEIADYVTDGKLIVQPSNSLLHVPVTKLSEPDLDEVILGGLSFADQKLDEIAILTKALTDGAESVTAELEDARAAVTALNESSHRNNLEVQEAIANLGNVRVDRELPFAERIKLQHAWLNLPLFPTTTIGSFPQSPEVRKTRADWLKGNITDAEYNAFIEKETARWIKIQEELDIDVLVHGEFERTDMVEYFGQKLAGFQATKFGWVQSYGSRAVRPPLIYGDVAFTEEITVKESVYAQSLTKRPVKGMLTAPVTIINWSFVRDDVPESVVANQVGLALRKEVEALERNGIKVIQVDEPALREGLPLKQARWEKYLNDAVYSFKLTTASVQNDTQIHTHMCYSDFDDIIDTISALDADVISIETSRSHGEIISTFEEVTYDKEIGLGVYDIHSPRVPTVTEIQDNIRRALRAIDAKQFWINPDCGLKTRKEPETIAALQDMIKATKEVRAEYQVLEK
Complex: THG_A_9(1U22) / Model_16(1U22/A) = [5.5] Download1832.0518.40MVKAISSNLGYPRLGEKREWKRALEKFWNGAISEEELLAETKALRLHALKKQQEKGIDLIPVGDFSFYDQVLDTSVTFGIIPKRFQHDGGKVSLNTYFDIARGKSDAVASEMTKWFNTNYHYIVPELADADPKVLDNRALYYYEEAKKELGIEGKPVLVGPVTYLKLGKGNDAENFEALLDKFIPAYVEILKELERAGAKWVQIDEPYLATSFDKSEIKLFEKVYQAFQTAVPNLKIELQTYFESLDYYEEVVNLPVAAIGIDFVHDHGDSLEALKAHGFPEDKYLAAGVIDGRNVWRSDLDAKLSLLTEIADYVTDGKLIVQPSNSLLHVPVTKLSEPDLDEVILGGLSFADQKLDEIAILTKALTDGAESVTAELEDARAAVTALNESSHRNNLEVQEAIANLGNVRVDRELPFAERIKLQHAWLNLPLFPTTTIGSFPQSPEVRKTRADWLKGNITDAEYNAFIEKETARWIKIQEELDIDVLVHGEFERTDMVEYFGQKLAGFQATKFGWVQSYGSRAVRPPLIYGDVAFTEEITVKESVYAQSLTKRPVKGMLTAPVTIINWSFVRDDVPESVVANQVGLALRKEVEALERNGIKVIQVDEPALREGLPLKQARWEKYLNDAVYSFKLTTASVQNDTQIHTHMCYSDFDDIIDTISALDADVISIETSRSHGEIISTFEEVTYDKEIGLGVYDIHSPRVPTVTEIQDNIRRALRAIDAKQFWINPDCGLKTRKEPETIAALQDMIKATKEVRAEYQVLEK
Consensus
[pKd Mean = 4.52]
-1716
(s=677)
20
(s=6)
MVKAISSNLGYPRLGEKREWKRALEKFWNGAISEEELLAETKALRLHALKKQQEKGIDLIPVGDFSFYDQVLDTSVTFGIIPKRFQHDGGKVSLNTYFDIARGKSDAVASEMTKWFNTNYHYIVPELADADPKVLDNRALYYYEEAKKELGIEGKPVLVGPVTYLKLGKGNDAENFEALLDKFIPAYVEILKELERAGAKWVQIDEPYLATSFDKSEIKLFEKVYQAFQTAVPNLKIELQTYFESLDYYEEVVNLPVAAIGIDFVHDHGDSLEALKAHGFPEDKYLAAGVIDGRNVWRSDLDAKLSLLTEIADYVTDGKLIVQPSNSLLHVPVTKLSEPDLDEVILGGLSFADQKLDEIAILTKALTDGAESVTAELEDARAAVTALNESSHRNNLEVQEAIANLGNVRVDRELPFAERIKLQHAWLNLPLFPTTTIGSFPQSPEVRKTRADWLKGNITDAEYNAFIEKETARWIKIQEELDIDVLVHGEFERTDMVEYFGQKLAGFQATKFGWVQSYGSRAVRPPLIYGDVAFTEEITVKESVYAQSLTKRPVKGMLTAPVTIINWSFVRDDVPESVVANQVGLALRKEVEALERNGIKVIQVDEPALREGLPLKQARWEKYLNDAVYSFKLTTASVQNDTQIHTHMCYSDFDDIIDTISALDADVISIETSRSHGEIISTFEEVTYDKEIGLGVYDIHSPRVPTVTEIQDNIRRALRAIDAKQFWINPDCGLKTRKEPETIAALQDMIKATKEVRAEYQVLEK