Study : Lmo1808 (atomeDB@cbs.cnrs.fr)


Main Binding Site Prediction:


Binding Site Prediction

Download fasta file
Download text file


Binding Site Number :C1_S1
Best Complexes choosen after comparative docking [pKd > 3] : 5 (5 maxi)

Complexes [Theoretical pKd]FileVolume (A3)
(FPocket)
Hydrophobicity
Score(FPocket)
Contacts Ligand/Receptor [<4A] in Site C1_S1
Complex: ACY_A_3(1NM2) / Model_22(1NM2/A) = [3.1] Download271.9446.93MTKIAFVFPGQGAQKVGMGQDVAAEYPEAKKIYDDADERLGFSITEIITEGPIELLTKSENAQPALVSTSVAILRALETYGVKADYVAGHSLGEYSALVAGGFLEASDAIYLVRKRGELMEAAVPNGAGAMAAVLGVDRETLKTITEEVTKEGDAVQLANLNCPGQIVISGTTAGVEKAGEKAKESGAKRVLPLAVSGPFHSSLMEPAALAFRDVLAEVKISDGQIPVVNNVDAKETTDKSEISDKLIKQIYSPVLWEDIVEELIKNGVDTFVEIGSGKVLAGLIKKINRDVTVLSAGDAESVKSVAATLKGE
Complex: GOL_B_2(2G1H) / Model_6(2G1H/A) = [3.1] Download296.8438.08MTKIAFVFPGQGAQKVGMGQDVAAEYPEAKKIYDDADERLGFSITEIITEGPIELLTKSENAQPALVSTSVAILRALETYGVKADYVAGHSLGEYSALVAGGFLEASDAIYLVRKRGELMEAAVPNGAGAMAAVLGVDRETLKTITEEVTKEGDAVQLANLNCPGQIVISGTTAGVEKAGEKAKESGAKRVLPLAVSGPFHSSLMEPAALAFRDVLAEVKISDGQIPVVNNVDAKETTDKSEISDKLIKQIYSPVLWEDIVEELIKNGVDTFVEIGSGKVLAGLIKKINRDVTVLSAGDAESVKSVAATLKGE
Complex: GLY_A_2(3TQE) / Model_16(3TQE/A) = [3.2] Download6231.7734.22MTKIAFVFPGQGAQKVGMGQDVAAEYPEAKKIYDDADERLGFSITEIITEGPIELLTKSENAQPALVSTSVAILRALETYGVKADYVAGHSLGEYSALVAGGFLEASDAIYLVRKRGELMEAAVPNGAGAMAAVLGVDRETLKTITEEVTKEGDAVQLANLNCPGQIVISGTTAGVEKAGEKAKESGAKRVLPLAVSGPFHSSLMEPAALAFRDVLAEVKISDGQIPVVNNVDAKETTDKSEISDKLIKQIYSPVLWEDIVEELIKNGVDTFVEIGSGKVLAGLIKKINRDVTVLSAGDAESVKSVAATLKGE
Complex: GLY_A_2(3TQE) / Model_29(3TQE/A) = [3.2] Download6389.1433.82MTKIAFVFPGQGAQKVGMGQDVAAEYPEAKKIYDDADERLGFSITEIITEGPIELLTKSENAQPALVSTSVAILRALETYGVKADYVAGHSLGEYSALVAGGFLEASDAIYLVRKRGELMEAAVPNGAGAMAAVLGVDRETLKTITEEVTKEGDAVQLANLNCPGQIVISGTTAGVEKAGEKAKESGAKRVLPLAVSGPFHSSLMEPAALAFRDVLAEVKISDGQIPVVNNVDAKETTDKSEISDKLIKQIYSPVLWEDIVEELIKNGVDTFVEIGSGKVLAGLIKKINRDVTVLSAGDAESVKSVAATLKGE
Complex: ACY_A_2(2QC3) / Model_35(2QC3/A) = [3.9] Download190.8633.58MTKIAFVFPGQGAQKVGMGQDVAAEYPEAKKIYDDADERLGFSITEIITEGPIELLTKSENAQPALVSTSVAILRALETYGVKADYVAGHSLGEYSALVAGGFLEASDAIYLVRKRGELMEAAVPNGAGAMAAVLGVDRETLKTITEEVTKEGDAVQLANLNCPGQIVISGTTAGVEKAGEKAKESGAKRVLPLAVSGPFHSSLMEPAALAFRDVLAEVKISDGQIPVVNNVDAKETTDKSEISDKLIKQIYSPVLWEDIVEELIKNGVDTFVEIGSGKVLAGLIKKINRDVTVLSAGDAESVKSVAATLKGE
Consensus
[pKd Mean = 3.30]
-2676
(s=2968)
37
(s=5)
MTKIAFVFPGQGAQKVGMGQDVAAEYPEAKKIYDDADERLGFSITEIITEGPIELLTKSENAQPALVSTSVAILRALETYGVKADYVAGHSLGEYSALVAGGFLEASDAIYLVRKRGELMEAAVPNGAGAMAAVLGVDRETLKTITEEVTKEGDAVQLANLNCPGQIVISGTTAGVEKAGEKAKESGAKRVLPLAVSGPFHSSLMEPAALAFRDVLAEVKISDGQIPVVNNVDAKETTDKSEISDKLIKQIYSPVLWEDIVEELIKNGVDTFVEIGSGKVLAGLIKKINRDVTVLSAGDAESVKSVAATLKGE